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Na década de 1980 surgiu uma ocupação clandestina na fronteira de São Paulo e Guarulhos, quando 260 famílias decidiram chamar esse lugar de lar. Seu apelido, Pantanal, deve-se à sua localização em uma região de várzea que se estende até uma parte da Rodovia Ayrton Senna.
Em 2002, a CDHU (Companhia Ambiental do Estado de São Paulo) lançou o Projeto Pantanal para urbanizar a área, abrigando aproximadamente 5.300 famílias. Essa área tinha o terceiro maior assentamento precário de São Paulo em 2007.
O projeto incluiu a pavimentação de vias, a construção de escolas, centro de educação infantil, unidade de saúde e canalização do Córrego Jacuí. Isso atraiu mais moradores e impulsionou o comércio local, o bairro que atualmente tem aproximadamente 32 mil habitantes.
